怎样找到菌的相似序列，怎样做细菌系统发育树？
找相似序列一般通过NCBI网站上的BLAST搜索就可以了，您所提交的序列应该为Fasta格式： >name aattccggaattccgg 关于系统发育树的构建： 多序列比对建议用ClustalX 建NJ或MP树，用MEGA就可以了，非常方便 若要建ML树推荐用phyML 建Bayes树推荐用Parallel MrBayes @ BioHPC 如果不是专业建树的话，MEGA足够用了，建议参考下面这篇文章： 一、引言 开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化 分析 求详细介绍双序列比对、blast 以及多序列比对的区别,以及均适用于哪些场 景
序列比对是将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。使用间隔表示未比对上，比对上的相同或相似的符号排列在同一列上。序列比对是生物信息学以及基因组学与进化的基础之一，其基本思想是：在生物学中普遍存在的序列决定结构、结构决定功能的规律，通过将核酸序列或者蛋白质序列的一级结构看成由基本字符构成的字符串，通过序列比对我们可以找到相似的序列并由此发现生物序列中的功能、结构和进化信息。 全局比对：全局比对是指将参与比对的两条序列里面的所有字符进行比对。全局比对在全局范围内对两条序列进行比对打分，找出最佳比对，主要被用来寻找关系密切的序列。其可以用来鉴别或证明新序列与已知序列家族的同源性，是进行分子进化分双序列比对和多序列比对，哪种方法更能揭示蛋白质功能相关的保守序列片段？为什么？
当然是多序列对比,保守性衡量的是同源基因在整个进化树中的变化程度...而不是两个物种之间的差异.微生物菌株鉴定构建发育树的问题
一般来说，按照相似性高地排列下来，选择靠前的几个属的菌。比如说你的比对结果为最相似的菌前10个都是A这个属的，那么你的菌一般来说跑不出这个属；再往下的第二个属可以作为外属，就是说系统发育树不仅要有你的菌所在的属，还得有一个和它最相近的另一个属。确定属之后，找到这个属的所有的菌，将他们的序列都用上来建树。最理想的树建出来的结果是16S最相近的菌和你的菌在一支上，并且进化距离也最短。blast比对输入序列中输入多个序列，是按照第一个进行比对，还是分别对多个进行比对再返回结果？
多个比对的，以第一个为标准比对。